En un Oxisol de los Llanos Orientales de Colombia, en condiciones de campo se evaluo el efecto de la aplicacion de agroquimicos sobre los microorganismos presentes en un cultivo de arroz secano. Los agroquimicos evaluados fueron Glifosato, Bispiribac, Azoxystrobin y Malation, aplicados en dosis comerciales, en un diseno experimental de bloques con medidas repetidas. Para el recuento de microorganismos se tomaron muestras compuestas de suelo rizosferico usando la metodologia de transectos. A partir de las muestras fueron realizados conteos microbianos empleando dilucion en placa y los datos se analizaron empleando analisis de varianza y prueba de comparaciones multiples. En los conteos se encontraron bacterias Gram (+), Gram (-), actinomicetos, y los grupos funcionales fijadores de nitrogeno y solubilizadores de fosforo, junto con los hongos Trichoderma spp., Fusarium spp. y Penicillium spp. Los hongos, los actinomicetos y los solubilizadores de fosforo fueron los microorganismos mas afectados por los agroquimicos, con reducciones en la abundancia. Las bacterias presentaron comportamientos variables dependiendo del agroquimico y los fijadores de nitrogeno fueron estimulados por los tratamientos. Estos resultados indican que los agroquimicos utilizados en el estudio pueden impactar de diferente manera los microorganismos que se encargan de la descomposicion de la materia organica.