RESUMEN: La disponibilidad cada vez mas amplia de métodos eficientes y económicos para la secuenciación de ácidos nucleicos y los recientes desarrollos teóricos en el entendimiento de la evolución a nivel molecular, han abierto nuevas formas de descubrir y describir las enfermedades infecciosas, investigar sus orígenes y probar las hipótesis relacionadas con las condiciones que posibilitan su emergencia. Esta presentación no esta dirigida a explicar la teoría o la mecánica de tales métodos si no a demostrar algunas de sus posibles aplicaciones con ejemplos de los sucesos recientes en el campo de las enfermedades emergentes.