La criptosporidiosis es una enfermedad emergente causada por protozoarios del genero Cryptosporidium, afecta un amplio rango de vertebrados incluyendo al hombre, su prevalencia oscila entre el 4-6% en centro y sur America y puede llegar a causar la muerte en pacientes inmunosuprimidos, por lo que es considerada un problema de salud publica en todo el mundo. Se hace necesario implementar y evaluar estrategias de deteccion y tipificacion de las distintas especies de Cryptosporidium, para adoptar medidas de control y seguimiento. Objetivo. Realizar una comparacion de metodos microscopicos y moleculares para la deteccion y tipificacion de las especies de Cryptosporidium, con el fin de utilizar aquel de mayor sensibilidad en la deteccion del parasito en muestras de agua. Materiales y metodos. La deteccion y tipificacion de Cryptosporidium spp., en muestras fecales y de agua, usando inicialmente un metodo de concentracion tanto para las heces como para el agua (formol-eter y el metodo de floculacion inorganica con carbonato de calcio); la identificacion del parasito se realizo por la tincion de Ziehl-Neelsen y la amplificacion por Reaccion en Cadena de la Polimerasa (PCR) de regiones del ADN ribosomal, de genes que codifican para la proteina Hsp70 y del gen que codifica para la proteina de la pared del ooquiste de Cryptosporidium (COWP). La tipificacion se realizo por medio de digestion con las enzimas de restriccion SspI, VspI y RsaI. Resultados. La tincion de Ziehl-Neelsen, comprobo la presencia de Cryptosporidium spp., en 10 de las 168 muestras analizadas (humanos, terneros, perros y conejos), la tipificacion por PCR, confirmaron 15 muestras positivas para C. parvum y una para C. hominis. Conclusiones. Se demuestra la sensibilidad de la deteccion de Cryptosporidium, por PCR y su utilidad en el diagnostico, al registrar la presencia de dos especies del parasito circulando en muestras del municipio de Manizales