En el marco de la creciente tendencia a la agroindustrializacion de la yuca, y dado que las caracteristicas del almidon definen el potencial industrial de estas raices, aquellas herramientas moleculares que permitan identificar variantes de interes deben integrarse a programas de mejoramiento genetico para seleccionar eficientemente nuevos materiales parentales. En este trabajo se compararon los resultados de la tecnica TILLING de genetica reversa (modificada en cuanto a la visualizacion directa de los productos de digestion en gel de agarosa), con el metodo tradicional que utiliza gel de acrilamida y plataforma Li-Cor. La comparacion se llevo a cabo a traves de la evaluacion de polimorfismo en 10 genes con control metabolico mayor de la ruta del almidon. En 150 lineas endocriadas M2, derivadas de semillas irradiadas, fueron identificadas fenotipicamente como probables mutantes y analizadas por TILLING. Solo 30% de los cebadores utilizados produjo datos de buena calidad pues la mayoria amplifico mas de un blanco. Adicionalmente, la deteccion visual de SNP en agarosa no corresponde con los registros obtenidos a partir del genotipado por Li-Cor, pues con ella no se logro deteccion de SNP, ni en plantillas de mezclas de ADN, ni en muestras individuales.