Para analizar la importancia de los laboratorios de salud publica (LSP) y laboratorios nacionales de referencia (LNR) en el pais, segun el apoyo que ofrecen a las actividades de vigilancia de la salud publica en los entes territoriales en el marco del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSS), se realizo un estudio con enfoque cualitativo y metodo de estudios de caso, acorde con la metodologia de Yin y Miles and Huberman. El estudio incluyo el analisis de dos LNR, cuatro LSP departamentales (LSPD), dos LSP distritales y un LSP municipal, siete anos despues de la promulgacion de la Ley 100 de 1993 y dos anos despues de haberse expedido la reglamentacion sobre los LSP en Colombia. Los resultados destacan que el SGSSS no propicio un adecuado funcionamiento de la red nacional de laboratorios de salud publica (RNL); el desarrollo de estos ha estado sujeto principalmente al interes de algunos funcionarios de los entes territoriales y no como respuesta a una politica nacional; ha habido ademas una concentracion de los recursos en los LNR y desproteccion de los LSP en los entes territoriales. La sostenibilidad y el desarrollo futuro se encuentran amenazados por las politicas de ajuste fiscal, por los vacios e incoherencia de la normatividad vigente y por la necesidad de mercadear sus servicios para evitar el cierre definitivo de varios de estos. Se plantea para el SGSSS el desafio de establecer una politica que garantice la sostenibilidad economica y tecnica de la red de laboratorios en los diferentes niveles territoriales.