La actividad agroindustrial puede aumentar el riesgo de contaminacion por metales pesados. Se escogio la Tilapia Oreochromis niloticus como bioindicador para evaluar los efectos de contaminacion en una laguna (Laguna de Sonso, Valle del Cauca, Colombia) puesto que es un pez sensible y de alto valor comercial. Se analizo la branquia como biomarcador histopatologico para detectar la presencia o ausencia de alteraciones celulares. Se realizaron tres muestreos (n=10 individuos por muestreo) en la laguna y dos muestreos testigo en el rio Patia, Valle del Patia, abarcando las temporadas humeda y seca. Las biopsias se incluyeron en parafina, se cortaron en microtomo y se tineron con Hematoxilina-Eosina. Se observaron las muestras en un microscopio optico con un aumento de 10x y se tomaron fotografias de tres filamentos de la branquia de cada individuo. Se implemento una aplicacion software que permite segmentar la imagen y extraer las caracteristicas morfologicas de las lamelas y los filamentos por separado. Se contaron las lamelas y se midieron su ancho y longitud promedio, asi como el ancho de los filamentos. Basados en los valores morfometricos de los individuos normales, la aplicacion otorga un diagnostico preliminar de apoyo al especialista, evaluando la existencia o ausencia de alteraciones adaptativas (AA) y alteracion de la distancia de difusion efectiva (ADDE). Esta prueba diagnostica alcanzo un valor de sensibilidad de 0,916 y especificidad de 1,000 para evaluar las AA, un valor de sensibilidad de 0,950 y especificidad de 0,692 para evaluar la ADDE, y tiene la ventaja de ser rapida, economica y objetiva.