En este estudio se presentan los primeros resultados obtenidos al utilizar como una herramienta diagnostica, tecnicas moleculares de PCR y RFLPs sobre la subunidad ribosomal 18S del DNA del Trypanosoma. La PCR-RFLPs se estandarizo al utilizar tres cepas de Trypanosoma (Trypanosoma vivax, Trypanosoma evansi y Trypanosoma theileri) pertenecientes al Banco de Germoplasma de Hemoparasitos de Corpoica, las cuales fueron multiplicadas en ovinos de lana y purificadas por medio del metodo de cromatografia de intercambio ionico. Con la PCR semianidada se obtuvieron los primeros amplificados de las tres cepas de Trypanosoma entre 700 a 800 pb, y de 600 a 700 pb en la segunda amplificacion. Usando las enzimas de digestion MspI y Eco57I se obtuvieron diferentes perfiles diferenciando las infecciones por Trypanosoma vivax, Trypanosoma evansi y Trypanosoma theileri. Con base en la informacion obtenida con las tres cepas de Tripanosoma, se trabajaron 70 muestras de sangre de ganados del piedemonte llanero, colectadas por el metodo del Buffy coat, los cuales fueron reportados como negativos a Trypanosoma bajo pruebas parasitologicas de Woo y extendido de sangre. De las 70 muestras bovinas, con la PCR se detectaron como animales positivos a trypanosoma un 7,14%, con niveles de sensibilidad en campo de la prueba de 25 trypanosomas/ml de sangre parasitada. De los animales positivos, los patrones de digestion obtenidos correspondieron a la cepa Trypanosoma theileri en un 80%, y un 20% a la cepa Trypanosoma vivax. Los resultados que se obtuvieron del estudio morfometrico en las especies T. vivax y T. evansi del Banco de Germoplasma de Corpoica, mostraron que el T. vivax es un parasito con mayor longitud (20-25 μm) que el T. evansi (18-19 μm), aunque el flagelo libre de este ultimo siempre fue mayor (7-9 μm) al igual que el diametro de su nucleo. En ambos parasitos la posicion del nucleo fue central y la posicion del quinetolasto terminal.