En este articulo se analizan comparativamente los procesos de configuracion de autonomia y legitimidad universitaria de algunas grandes universidades publicas de America Latina en estos ultimos veinte anos, en relacion con la libertad de catedra y la colegialidad. El foco de analisis esta en la Universidad Nacional de Colombia ( UNC ); las otras tres universidades (Universidad de Sao Paulo, Universidad Nacional Autonoma de Mexico y Universidad de Buenos Aires) sirven de contraste para mostrar la diversidad de los procesos que se presentan en las universidades en Latinoamerica. Se basa en una revision de la normativa institucional, en documentos producidos por cada una de las universidades y en trabajo de campo (entrevistas, grupos de discusion, observacion) durante 2009 - 2010 , gracias a la financiacion de Colciencias y de la UNC . En la investigacion participo un numeroso equipo de profesores y estudiantes de la UNC . Si bien en la investigacion que esta a la base de este articulo se hizo una revision amplia de la prensa en estos cuatro paises, e igualmente se hizo trabajo de campo sobre las percepciones de los estudiantes, estos aspectos no se desarrollan aqui por razones de espacio. El texto argumenta que la formacion ha sido la mision fundamental de las universidades; sin embargo, en estos ultimos anos la legitimidad y autonomia se estan situando en la investigacion y en nuevas modalidades de extension. En segundo lugar se plantea que el fundamento de la autonomia universitaria reside en la libertad de catedra y la libertad de estudio; no obstante, cambios recientes, sin cuestionar las libertades academicas, han orientado el nucleo duro de la autonomia en otras direcciones (competitividad, rendicion de cuentas, etc.). La legitimidad se ha desplazado de los valores de la formacion hacia otras esferas (investigacion, competitividad laboral, marketing, etc.). Igualmente, el articulo desesencializa los conceptos de formacion y de docencia, mostrandolos como un acumulado historico complejo y no muy coherente, y problematiza las relaciones entre la libertad de catedra y la autonomia institucional. Finalmente, llama la atencion sobre el debilitamiento de la colegialidad en estas universidades, debilitamiento que a futuro tendra un impacto importante en su autonomia academica y en su legitimidad.