Se evaluo el polimorfismo de tres sistemas microsatelitales (BMS 527, BMS 4440 y BMS 2113) en 5 razas de ganado bovino criollo colombianas: ROM (Romosinuano), BON (Blanco Orejinegro), CAS (Casanareno), SM (San Martinero) CCC (Costeno con cuernos) y dos razas foraneas: Cebu y Holstein. Se encontraron 38 alelos en 105 individuos estudiados y se reportan alelos unicos para BON, ROM, CCC y CAS. La heterocigosidad esperada total incluidas las dos razas foraneas fue de 0.7228, mientras que la observada oscilo entre 0.3511 y 0.7787. Se evidencio desequilibrio de Hardy- Weinberg para algunas razas en dos sistemas microsatelitales, resultado probable de efectos de seleccion a los cuales las razas criollas y foraneas han estado sujetas. El analisis de diversas distancias geneticas mostro que la raza mas distante fue la Cebu en relacion a las colombianas y a Holstein y un cluster consistente que agrupa las razas HOL-ROM-CAS. Los analisis de mezcla sugieren que las razas criollas colombianas tienen mayor aporte genetico de la raza Holstein (entre un 76 y un 88%) que de Cebu (entre un 8 y un 22 %). Finalmente, se sugiere que el sistema BMS2113, podria ser de utilidad para realizar analisis de paternidad en razas criollas colombianas.