El presente capítulo expresa los resultados del proyecto de investigación titulado Desarrollo de habilidades de pensamiento crítico en estudiantes de IX semestre de Ingeniería de Sistemas modalidad virtual de la Fundación Universitaria del Área Andina que surge de la necesidad de analizar el alcance que ha logrado el Modelo académico virtual en Areandina, específicamente en la formación de las habilidades de pensamiento crítico. A partir del Modelo de procesamiento del pensamiento crítico propuesto por Margarita Amestoy de Sánchez y en el marco de un enfoque de investigación cualitativo, se desarrollaron instrumentos para analizar las maneras como se propician estas habilidades en los módulos dispuestos en la plataforma como mediación pedagógica y las acciones de docentes y estudiantes. Fueron analizados cinco cursos virtuales, aplicados instrumentos y técnicas de recolección de información a cinco docentes y 31 estudiantes del programa. Los resultados obtenidos evidencian que las acciones formativas se articulan para el fortalecimiento de las habilidades cognitivas propias del pensamiento crítico, con un mayor acento en las habilidades de interpretación, inferencia, análisis y explicación y menor en las de evaluación y autorregulación, siendo esta última uno de los mayores retos del proceso; la acción del docente moviliza la acción cognitiva de los estudiantes a partir de la plataforma como mediación pedagógica y las definiciones propias del Sello Transformador Areandino que impulsa la formación de alto nivel desde todos sus nodos, en particular desde el nodo de pensamiento crítico.