De septiembre a diciembre de 1996 se llevó a cabo un estudio limnológico de O a 100m de profundidad en el embalse de El Guavio. Se tomaron muestras de plancton y se determinó la clorofila a. El estudio mostró una columna de agua bien mezclada. El oxígeno disuelto permaneció con una saturación del 60% a 1OOm de profundidad. Los valores de fósforo y nitrógeno, lo mismo que los de clorofila fueron muy bajos. El fito y el zooplancton fueron diversos en especies. El principal problema del embalse son los sedimentos aportados por los terrenos aledaños muy erosionables.