Se revisaron algunos desafíos que enfrenta la producción de conocimiento con la metodología salud pública basada en la evidencia, como fundamento científico de políticas de salud en Colombia. Desde lo conceptual: acuerdos de la comunidad científica sobre las concepciones de salud, salud pública, evidencia científica y salud pública basada en la evidencia. En lo metodológico: dificultades para evaluar la efectividad de las acciones en salud y distinguir entre la validez del proceso evaluativo para detectar el éxito o el fracaso de una intervención y el relativo éxito o fracaso de la intervención en sí misma. En lo contextual: superación del paradigma curativo y priorización de la inversión en proyectos de eficacia ya demostrada. Se concluyó que la generación de políticas de salud, adecuadas y racionales, requiere de la voluntad política de todos los actores involucrados, tanto para la pr evaluación e implementación de la mejor decisión.