Con la gran cantidad de información que en la actualidad se obtiene en los proyectos de estudio de genomas, es necesario crear una estrategia para que los datos sean almacenados y estructurados de forma que sean fácilmente accesibles. Para tal efecto se desarrolló en Cenicafé un sistema de información de datos genómicos LIMS el cual, basado en su mayoría en herramientas libres, permitió construir un sistema a bajo costo y de alta calidad, con los aplicativos necesarios para asistir las necesidades en estudios de genómica. Este sistema está especializado para el manejo de información relacionada con secuencias de EST's, BACs y Microsatélites de varias especies de café, la broca Hypothenemus hampei y el hongo Beauveria bassiana. Para el análisis de la información se crearon "pipelines" específicos para proceder con el agrupamiento, análisis y anotación de las s ecuencias. Con esta información se generó un modelo relacional de bases de datos para su almacenamiento, se diseñaron interfaces Web con motores de búsqueda especializados y se incorporaron herramientas para despliegue gráfico de ensamblajes de genes, anotaciones, datos estadísticos y otra información relacionada. El presente sistema es accesible desde la Intranet de Cenicafé mediante un mecanismo de autenticación de usuarios, permitiendo acceder a los datos de forma rápida y eficiente. Este sistema se encuentra en constante cambio debido a las continuas actualizaciones de los datos obtenidos en los proyectos de genoma de Cenicafé y de los datos de secuencias contenidos en los bancos de datos mundiales.