Antecedentes: Las infecciones gestacionales que llevan al desarrollo de infecciones prenatales, son un importante problema de salud pública, especialmente en países en vía de desarrollo, ya que los agentes etiológicos pueden afectar el desarrollo fetal y por ende asociarse con discapacidad y muerte fetal. Objetivos y Métodos: Determinar la asociación entre las infecciones gestacionales y el desarrollo de defectos congénitos (DC). Se realizó un estudio analítico de casos y controles, con análisis de variables cualitativas y cuantitativas con datos recolectados por el Programa de Vigilancia y Seguimiento de Anomalías Congénitas de Bogotá D.C. (PVSACB) incluyendo información autorreferida por las madres y recolectada a través de la ficha ECLAMC en 23 hospitales de Bogotá D.C. durante el periodo 2001-2018. Resultados: Se registraron en total 474 699 nacimientos en la cuidad de Bogotá D.C. con 4 220 casos y un total de 5 771 controles (relación 1:1.36); incluyendo recién nacidos cuyas madres estuvieron expuestas o no a infecciones durante el embarazo. Se encontró que las infecciones bacterianas se asocian con DC en el sistema craneofacial (OR: 1.45-IC:0.82-2.57), osteomuscular (OR:1.21-IC:1.06-1.41), nervioso (OR:1.45-IC:1.14-1.84), región oral (OR:1.51-IC:1.14-2.0) y renal (OR:1.26-IC:0.93-1.71). Las de origen viral se asocian con los sistemas osteomuscular (OR:3.18-IC:1.78-5.69), nervioso (OR:2.42-IC:1.03-5.68), región oral (OR:1.67-IC:0.52-5.41) y renal (3.95-IC:1.67-9.33). Conclusiones: Encontramos que las infecciones gestacionales que más mas relacionadas con DC fueron bacterianas y virales. Las infecciones maternas genitourinarias y respiratorias fueron las más frecuentes. Es importante profundizar en la asociación de infecciones por agente etiológico y el desarrollo de DC con el fin de establecer estrategias para el manejo materno oportuno que permitan reducir una de las principales causas de morbimortalidad infantil en el país.