Los briófitos y líquenes presentan una alta diversidad a nivel global con un aproximado de 20000 especies y para Ecuador con 1700 y 2500 especies, respectivamente. Estos dos grupos son conocidos como bioindicadores de cambios ambientales, debido a que son organismos poiquilohídricos, ya que dependen de condiciones externas de humedad y temperatura. Los briofitos y líquenes pueden crecer en diferentes ecosistemas como bosques montanos, bosques secos, bosques amazónicos, matorrales y páramos sobre corteza de árboles, suelo, rocas y en hojas. Por ello, se presenta un protocolo de muestreo para estudios de diversidad y ecológicos, así como también el proceso desde colección hasta el almacenamiento de las muestras en herbarios. Estos protocolos estandarizados y muestreos aplicados presentados aquí son los adoptados por investigadores del Herbario HUTPL y que pueden servir de guía para realizar estudios a nivel local y regional en diferentes tipos de bosques.