Introducción. Phytophthora infestans sensu lato es el fitopatógeno causante del tizón tardío en solanáceas, con impactos ambientales, económicos y de seguridad alimentaria. Presenta alta incidencia de la enfermedad y cambios genéticos acelerados. Objetivo. Evaluar la variabilidad genética de las poblaciones de P. infestans sensu lato aisladas de solanáceas en municipios del sur de Colombia. Materiales y métodos. Se obtuvieron 40 aislamientos de P. infestans sensu lato de cuatro hospederos de solanáceas provenientes de municipios de Nariño y Putumayo. Se extrajo el ADN y se amplificó con cinco marcadores microsatélites. Las bandas se visualizaron en geles de agarosa al 3% y se midieron con ImageJ. El análisis de datos se realizó con el paquete Poppr y el software STRUCTURE. Resultados. Se obtuvo alto polimorfismo con la amplificación de más de cuatro alelos por locus, presencia de triploidia y elevada diversidad genética con 40 genotipos multilocus únicos, en comparación con otras regiones del país. Las poblaciones se estructuraron de acuerdo a su hospedero con una diferenciación genética (Gst) entre 0.39 y 0.73, probablemente por la preferencia de hospedero y el uso de hospederos alternativos. El análisis de desequilibrio de ligamiento sugiere posible reproducción sexual en poblaciones P. infestans obtenidas de papa y P. betacei de tomate de árbol. Conclusión. El análisis con cinco marcadores microsatélites permitió identificar alto nivel de polimorfismo en las poblaciones de P. infestans sensu lato y alta variabilidad intrapoblacional para el sur de Colombia, así como estructura de las poblaciones de acuerdo a su hospedero.