El cambio climático y ecosistemas como la Amazonía cada vez tienen una mayor atención y relevancia en la agenda internacional, en un contexto en el que Colombia posee una gran parte de este bioma estratégico. Sin embargo, el país ha estado inmerso en un conflicto desde el siglo pasado, en el que los esfuerzos de inteligencia se han centrado en enfrentar amenazas irregulares. El objetivo de esta investigación es determinar el rol de la Inteligencia Estratégica en la protección de la Amazonía colombiana frente a las actuales amenazas internas y externas. En este sentido, la investigación adoptó un enfoque cualitativo y, a partir de una revisión exhaustiva de documentos académicos e informes técnicos, estableció la importancia de la región amazónica para Colombia, caracterizó las amenazas presentes en esta región y, mediante una inferencia deductiva, basada en los datos recolectados, se determinó cuál debería ser el rol de la Inteligencia Estratégica en la preservación de esta región. Los resultados de la investigación muestran la relevancia de la Inteligencia Estratégica de Colombia en la protección de la Amazonía, ya que actúa como instancia articuladora de los esfuerzos de generación de inteligencia de agencias internacionales y de otras instituciones del Estado, y promueve las tareas de Inteligencia, Vigilancia y Reconocimiento (ISR, por sus siglas en inglés).