Objetivo: discutir el establecimiento de la misión capuchina y las disputas en torno a la autoridad y el poder político en el Putumayo a finales del siglo XIX y las primeras décadas del XX (1896-1914), desde una perspectiva de la misión como un espacio que fue más allá de la “civilización de indígenas” y que se insertó en los conflictos de la sociedad y las disputas por la autoridad y el poder político. Metodología: se debaten los estudios de la misión en este periodo y la manera como se ha interpretado su actuar, contrastando con las fuentes primarias del Archivo General de la Nación y el Archivo de la Diócesis de Mocoa-Sibundoy. Originalidad: se ofrece un análisis alternativo al papel de la misión capuchina en este periodo a partir de un análisis centrado en el estudio de lo político y las disputas por la autoridad a través de los fuertes cambios que sacudieron esta región fronteriza (economía gomífera, la guerra de los mil días y el establecimiento de la Casa Arana). Conclusiones: los misioneros capuchinos (del ensayo de misión y los catalanes que llegaron al país con la creación de la prefectura apostólica) se disputaron el poder político con las viejas formas de autoridad (los caucheros como comisarios) y los nuevos agentes del Estado (militares) que se establecieron en el Putumayo con la creación de la Intendencia (1905) y posterior comisaria especial (1912), debido al nuevo papel que le fue otorgado por el Vaticano y el Estado colombiano como agentes de desarrollo y civilización, lo cual llevó a que lo político se convierta en un elemento fundamental de dicha empresa.