Este artículo identifica los desafíos epistemológicos e institucionales para las ciencias sociales y humanas en las universidades ante el capitalismo cognitivo, las violencias estructurales y epistémicas, implicadas en la producción de conocimiento. Para ello, se revisan los límites fundacionales de los saberes y de las instituciones, desde las críticas de Derrida y Santos a las estructuras moderno/coloniales. Luego, se remite a las epistemologías situadas de Haraway y Castro-Gómez para cuestionar la pretensión del conocimiento neutro y universal. Por último, se consideran los aportes de la teoría decolonial, las epistemologías feministas, los enfoques interseccionales, como rutas político-emancipatorias para la investigación y la extensión social en las instituciones de educación superior. Para concluir que, ante los desafíos y anuncios de crisis de las universidades y de las humanidades, las perspectivas expuestas ofrecen diagnósticos que posibilitan la negociación de afinidades parciales, tejidos pluriversos de saberes, praxis compartidas desde la acción colectiva para la democratización del conocimiento.