Los bioindicadores son organismos nativos empleados para mostrar el estado y los cambios que puedan surgir en el medio ambiente por la contaminación, debido a esto, suelen aplicarse en disciplinas como la ecotoxicología. Existen diferentes tipos de bioindicadores en todo el mundo, los cuales pueden ser de tipo animal, vegetal o microbiano, permitiendo evidenciar la contaminación en diferentes ecosistemas, tanto terrestres, acuáticos o mixtos. Entre estos la implementación de plumas y cascaras de huevos de las aves y los manglares, han presentado buenos resultados como bioindicadores de contaminantes en cuerpos de agua. En la actualidad, los ecosistemas acuáticos presentan una clara problemática a raíz de la contaminación provocada por el vertimiento de aguas residuales cargadas con múltiples contaminantes generado por actividades industriales y antropogénicas. Algunos de estos contaminantes son los metales pesados, los contaminantes emergentes y los derivados del petróleo, los cuales generan una gran amenaza para los diferentes ecosistemas y la salud humana. En consecuencia, se han implementado diferentes técnicas de rastreo para evidenciar la presencia de contaminantes presentes en cuerpos de agua, sin embargo, es importante realizar aportes en cuento a la implementación de metodologías de alerta temprana como pueden ser los bioindicadores. Por lo anterior, el objetivo de la presente revisión del tema es resaltar la importancia de la implementación de los animales y las plantas como bioindicadores de contaminación de los ecosistemas acuáticos para la evaluación de la salud del medio ambiente, realizando con esto un aporte en el área de la ecotoxicología ambiental.