En este estudio se describe una especie nueva de Croton sección Geiseleria (Euphorbiaceae) con base en especímenes recolectados en remanentes de vegetación en el municipio de Santa Fe de Antioquia (Antioquia), noroccidente de Colombia. Croton antioquensis se asemeja a C. adenodontus, C. bidentatus y C. subsuavis, sin embargo, se diferencia por un conjunto de caracteres asociados a su morfología floral y vegetativa, además de su distribución geográfica. La nueva especie se conoce de una sola localidad en un área de ocupación (AOO) inferior a 4 km2 con múltiples amenazas de origen antrópico. Sugerimos su inclusión en la categoría de Peligro Crítico (CR) teniendo en cuenta las directrices de la UICN. Se incluye una clave para las especies de Croton secc. Geiseleria en Colombia.