La acuaponía es una estrategia que permite el ahorro de agua, eficiencia de nutrientes y producción limpia de alimentos. Sin embargo, su implementación todavía es un desafío en los países en vía de desarrollo por los problemas asociados a la baja eficiencia de recuperación de nutrientes, costo y calidad de agua; que afectan la producción y calidad de los alimentos. Es así, que este trabajo tuvo como objetivo evaluar en el municipio Chitaraque-Boyacá un prototipo acuapónico semi-comercial de producción de lechuga y albahaca, con énfasis en la caracterización de aceites esenciales. Se evaluaron parámetros de calidad de agua; nutricionales, crecimiento de las especies vegetales y composición del aceite esencial de albahaca. Los resultados mostraron concentraciones adecuadas de fosfato y nitrato para el crecimiento de las plantas y bajas niveles de K+, Ca2+ e Fe2+. Las lechugas alcanzaron un peso promedio de 110-155 g a los 40 días de cultivo, mientras que la albahaca generó un peso fresco de 20,5±8,7 a 40,7±5,5 g a los 60 días del cultivo. Por otro lado, se observó que linalol y chavicol fueron los componentes principales del aceite esencial de albahaca