Se investigó la filogenia y biogeografía de insectos vector-hospederos en Colombia utilizando marcadores moleculares ITS2 y COII. Por medio de los datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), se establecieron bases de datos locales de marcadores moleculares para especies de Diptera y Hemiptera. Se utilizaron modelos de máxima verosimilitud para examinar las relaciones de parentesco, los orígenes y la distribución potencial de estos insectos. Los análisis revelaron 18 clados parafiléticos con una resolución superior al 55 % para Diptera y 28 clados que superan el 50 % para ITS2. En el caso de Hemiptera, se identificaron 20 clados parafiléticos con una resolución superior al 13% con el marcador COII, y 14 clados parafiléticos con una resolución superior al 50% con ITS2. Estos resultados resaltan la solidez y precisión de los marcadores ITS2 y COII para separar estos organismos hospederos en Colombia. También, se encontró que los géneros Diptera y Hemiptera están ampliamente extendidos en todas las regiones de Colombia. Sin embargo, existe una notable escasez de datos moleculares y registros taxonómicos. Esto resalta la necesidad de futuras investigaciones para desentrañar la biogeografía y la ecología de los insectos vectores y hospederos en Colombia, facilitando así el desarrollo de bases de datos nacionales de biodiversidad integrales.