Objetivo Determinar la calidad de la gobernanza del sistema de salud de Colombia y analizar las lecciones que trajo la pandemia del covid-19, teniendo en cuenta la percepción de líderes que hacen parte del sistema. Material y Métodos Estudio descriptivo y exploratorio basado en datos de encuesta propia, cuya muestra fue no probabilística por conveniencia. Participaron 107 líderes del sistema de salud. Los datos se analizaron considerando un marco de evaluación de desempeño de los sistemas de salud. Resultados Los participantes en el estudio calificaron la gobernanza del sistema de salud en un promedio de 2,6/5,0, lo que corresponde a una calidad baja de la gobernanza. No obstante la baja calificación, los líderes percibieron mejoras durante la pandemia en el desempeño de propósitos como la visión estratégica y la supervisión del sistema, y sobre las capacidades consideraron mejoras en el manejo de riesgos y la gestión de la información. Discusión Este estudio brinda una aproximación sobre la gobernanza del sistema, considerando las subfunciones propuestas en el marco de evaluación, lo que constituye una oportunidad para conocer las fallas y los aspectos en que se debe mejorar, aún más, luego de pasar por las presiones del covid-19, por lo que el sistema debería prepararse para un próximo choque externo. La investigación ofrece un panorama para nuevos estudios que puedan usar el mismo marco y proponer indicadores de gobernanza para evaluarla y realizar seguimiento.