Hoy en día las plantas de tratamiento de aguas residuales (PTAR) son consideradas las principales fuentes de contaminación de los sistemas lóticos, incorporando de manera constante un sin número de contaminantes sin tener ningún tipo control. Dentro de este grupo de sustancias las que más preocupan son los contaminantes emergentes (CE), compuestos que en los últimos años han despertado un gran interés principalmente por el impacto ambiental que pueden generar. El río Cesar (uno de los afluentes más importantes de la zona norte de Colombia) recibe a diario toneladas de descargas de aguas residuales provenientes de diferentes municipios y son escasas las investigaciones realizadas sobre la presencia de CE, de ahí la importancia de realizar estudios que permitan determinar la influencia de los puntos de vertimiento en la incorporación de diferentes tipos de contaminantes. En esta investigación se llevó a cabo la detección de Gemfibrozilo y Progesterona especialmente en los puntos de vertimiento de aguas residuales de la ciudad de Valledupar y el municipio de la Paz. Para llevar a cabo la investigación se tomaron muestras puntuales antes, durante y después de los puntos de vertimiento de aguas residuales, luego fueron trasladados hasta el laboratorio para ser analizadas por medio de cromatografía líquida. Los resultados mostraron la presencia de estos CE en la mayoría de las muestras, afirmando la influencia de las PTAR en el ingreso de estas sustancias.