Introducción. En los últimos 25 años el uso de probióticos ha tenido una metamorfosis importante gracias a la ciencia “ómica”, abarcando una prolífera información científica y por ende un incremento en la utilización clínica. Los probióticos se definen como “microorganismos vivos, que cuando se administran en cantidades adecuadas, confieren beneficios para la salud al huésped”. Cada día se evidencia la asociación entre la microbiota intestinal y el estado de salud de las personas, por lo tanto, es importante analizar desde la evidencia científica cuáles son los probióticos útiles para determinadas patologías pediátricas. Objetivo. Proporcionar a la comunidad médica un análisis exhaustivo acerca del uso de probióticos y establecer recomendaciones para la población pediátrica. Material y métodos. Esta guía fue desarrollada por un equipo multidisciplinario con apoyo de la Asociación Colombiana de Probióticos y Prebióticos y el Colegio Colombiano de Gastroenterología, Hepatología y Nutrición Pediátricas. Se desarrollaron mesas de trabajo para seleccionar las preguntas de interés clínico, búsquedas sistemáticas de revisiones sistemáticas, metaanálisis, y extracción de la información y recomendaciones para cada pregunta. Expertos en epidemiología realizaron la búsqueda sistemática de la literatura. Las tablas de evidencia y recomendaciones fueron realizadas con base en la metodología Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation. Las recomendaciones de la guía fueron evaluadas en una reunión de expertos donde se les otorgó el grado de la recomendación. Resultados y conclusiones. Se propusieron 10 preguntas relacionadas con las patologías más frecuentes en pediatría para el uso de los probióticos. En conclusión, el grupo de expertos hizo recomendaciones para las siguientes enfermedades: enterocolitis necrotizante en prematuros, cólico del lactante, diarrea aguda, diarrea secundaria al uso de antibióticos, incidencia de infecciones respiratorias, incidencia de alergias, dolor abdominal funcional, alergia a la proteína de la leche de vaca, enfermedad inflamatoria intestinal y sobrecrecimiento bacteriano del intestino delgado. Las cepas que presentaron la mejor calidad de evidencia en nuestras guías, sin orden de importancia, fueron: Saccharomyces boulardii cepa CNCM I-745, Limosilactobacillus reuteri cepa DSM 17938 y Lacticaseibacillus rhamnosus GG.