Con el propósito de determinar los grupos fitoplanctónicos presentes en el embalse de Betania (Yaguará, Huila) y lograr relacionarlos con los periodos, método y sitio de muestreo (Botella Van Dorn – Superficial Directa) y subembalses de muestreo (Yaguará, Magdalena), se llevaron a cabo dos capturas: el primer periodo comprendido entre el 24/03/2013 hasta el 31/03/2013, y el segundo, entre el 15/06/2013 hasta el 22/06/2013, representando dos momentos hidrológicos. Cada una de las muestras fue fijada con lugol, adicionando 1 ml por cada 100 ml de muestra y con Transeau, adicionando 100 ml por cada 100 ml de muestra. La metodología usada para la determinación de los grupos funcionales fue basada en la morfología establecida por Reynolds y Kruk. La estadística se realizó con el programa RWizard utilizando paquetes de R. Los resultados presentan un total de 28 especies clasificadas en 10 clases taxonómicas; en la mayoría de los casos la abundancia obtenida con ambos métodos fue similar. Sin embargo, existen géneros para los cuales la abundancia fue diferente en función del método de muestreo: en el género Ceratium frecuentemente se observaron mayores abundancias con el método de Botella Van Dorm, y también se observaron discrepancias para Melosira y Peridinium. Durante el periodo 1 se observó con mayor presencia el grupo funcional Mucilago con un total de 42 presencias y durante el periodo 2 se presentó una mayor presencia en el grupo funcional Mucilago y Sílice con un total de 47 presencias cada uno. Se concluye que no existe diferencia significativa en la proporción de grupos funcionales en cuanto al método de muestreo utilizado, ni entre sitios, ni entre los periodos de muestreo, aunque sí existen diferencias significativas en la proporción de grupos funcionales entre subembalses; por lo tanto, sí es necesario diferenciar entre embalses a la hora de realizar los siguientes análisis con las frecuencias entre sitios de muestreo y periodos.