La investigación de vertebrados suele realizarse con muestreos directos que implican uso de trampas. Otros métodos indirectos, como observación de rastros, son poco utilizados, aunque fáciles, económicos y con una adecuada interpretación ofrecen valiosa información. Proponemos un protocolo de análisis de excretas y guano con el fin de orientar a los investigadores para obtener información taxonómica y ecológica. Este protocolo incluye detalles del muestreo, registros fotográficos, recolección de muestras, rescate de información, reporte de caracteres organolépticos, procedimientos de laboratorio, preservación, almacenamiento, montaje y conservación. Detallamos información para determinar taxonómicamente la excreta e interpretar correctamente la información. Presentamos un estudio de caso en Colombia con los detalles de cada tipo de análisis. En conclusión, resaltamos la importancia de los protocolos estandarizados para el análisis de este tipo de muestreos como testigo o voucher biológico para obtener información sobre ecología, etología, hábitat, dinámica trófica y edad de ciertas especies.