El proceso de digestión anaerobia permite que por medio de un biodigestor en ausencia de oxígeno y utilizando excretas de animales se pueda obtener como resultado biogás + biofertilizante. Este proceso permite que dentro del biodigestor se genere una serie de reacciones bioquímicos, donde diferentes microorganismos a temperaturas y pH, determinado, generen la descomposición de la materia orgánica convirtiéndola en biogás y biofertilizante. En este artículo se realizó un análisis microbiológico del afluente y efluente del biodigestor y el análisis de control de calidad del biofertilizante producto del proceso de la codigestión de excretas caprinas y bovinas en la finca la Esperanza en Aguas Blancas, Cesar. Se pudo concluir que el proceso de generación de biogás es óptimo debido a que en su proceso se ha evidenciado por medio de análisis de laboratorio la presencia de microorganismos necesarios en cada una de las etapas del proceso de biometanización.