En este artículo se presenta un ejercicio de reflexión, que parte del análisis del trabajo realizado durante varios años por el equipo de investigadores de la línea de Ciencia y Tecnología de Alimentos y desemboca en la estructuración de un protocolo educativo innovador enfocado en el diseño de alimentos mediante el aprendizaje basado en retos (ABR), el aprendizaje basado en proyectos (ABP) y el design thinking (DT). Se detalla cada una de las partes del protocolo y su fundamentación en la literatura científica. Se destaca la importancia de la adecuada estructuración de un equipo de trabajo diverso y cohesionado, la selección cuidadosa del mercado objetivo, y la formulación y prototipado basados en necesidades reales de los consumidores. Esta metodología pedagógica no solo busca innovar en el ámbito alimentario, sino también preparar a los estudiantes para enfrentar desafíos reales, promoviendo competencias como el liderazgo, pensamiento crítico y habilidades prácticas, integrando conocimientos técnicos y prácticos, buscando futuros profesionales que contribuyan de manera significativa a la industria alimentaria y a la mejora de la salud pública.