Este artículo es el resultado de la investigación del caso salvadoreño del proyecto de investigación “El papel de la Iglesia en los procesos de paz y reconciliación en América Latina: una mirada histórica”, que comprende los países de El Salvador, Perú, Argentina y Colombia. Se utilizan cuatro categorías de análisis para comprender el papel que tuvo la Iglesia Católica salvadoreña en el período que va desde 1970 a 1992, donde tuvieron lugar la situación prerrevolucionaria, la Guerra Civil salvadoreña y el proceso de paz que desencadenó en los Acuerdos de Paz de Chapultepec de 1992. Las categorías utilizadas son: 1) la relación con Roma y el nivel de autonomía de la Iglesia Católica salvadoreña, 2) la política trazada desde Roma respecto al papel y el nivel de intervención de la iglesia salvadoreña en el conflicto, 3) el rol que desempeñó como víctima o como agresor en antes y durante el conflicto y 4) el rol en del proceso de negociación. Metodológicamente se realizó una revisión documental exhaustiva de fuentes bibliográficas secundarias y terciarias; y fuentes primarias que relacionan actas de la Conferencia Episcopal, cartas de obispos, autobiografías, diarios, pronunciamientos de mandos guerrilleros, entre otros. Asimismo, se realizaron entrevistas semiestructuradas para profundizar y validar la información obtenida a partir del trabajo de revisión documental. Se argumenta, a partir de lo anterior, sobre una Iglesia Católica que, durante este período, se comprometió con la concientización política, la organización de los sectores populares, la denuncia de hechos atroces de la guerra y el proceso de negociación y reconciliación, presentándola como una iglesia martirial.