El estudio examina la violación sistemática de derechos de la mujer y la diversidad territorial de la justicia transicional en Colombia. El análisis documental permitió interpretar la relación entre la jurisprudencia internacional y nacional sobre los derechos de las mujeres dentro del conflicto armado colombiano. Con ello se demostró que la participación de la mujer en el conflicto está relacionada con su condición de vulnerabilidad y discriminación frente al hombre. Por su lado, con el denominado Acuerdo Final de Paz, suscrito por el gobierno con la guerrilla FARC-EP, la expectativa se centra en que el conflicto armado llegue a su final. A su vez, las normas expedidas para la culminación del conflicto, y las referidas al enfoque de género dentro del sistema de justicia transicional colombiano, evidencian un estándar igualitario. Por último, los avances en los derechos de la mujer desde un enfoque diferencial exigen la formulación de políticas públicas orientadas a la reparación integral de los crímenes en su contra, evitar la violación de sus derechos, y disminuir las desigualdades de género. Con ello, será posible sentar las bases para un desarrollo territorial con igualdad económica, social, política y jurídica incorporada a los derechos de la mujer.