El uso de PGPR (plant growth-promoting rhizobacteria) que son un conjunto de bacterias que habitan en la rizosfera de las plantas y que producen todo tipo de beneficios, mejorando el crecimiento, la disponibilidad y/o la absorción de minerales (nitratos, fosfatos), ayudan a la producción de hormonas necesarias en el desarrollo de los vegetales (fitohormonas). Estos microorganismos tienen variadas aplicaciones en agricultura ecológica como biocontroladores, biofertilizantes y bioabonos y protegen las plantas contra posibles agentes patógenos y mejoran la biodisponibilidad de nutrientes en el suelo para promover el crecimiento de las plantas. Las experiencias en restauración ecológica de ecosistemas degradados se han enfocado hacia el uso de micorrizas arbusculares y bacterias a escala de invernadero.