Introducción: La desnutrición es un problema de salud pública que afecta a los menores de cinco años. En Colombia, en 2021, se notificaron al Sistema de Vigilancia en Salud Pública 15924 casos de desnutrición aguda, con una prevalencia de 0,41 por cada 100 niños menores de 5 años; mientras que el Departamento de Boyacá tuvo una prevalencia de 0,54 por cada 100 menores de 5 años. Por ello, es importante estudiar factores de riesgo de la desnutrición para generar información que permita la toma de decisiones en el departamento. Objetivo: Describir el comportamiento epidemiológico de la desnutrición aguda en menores de cinco años en el Departamento de Boyacá durante el periodo 2017-2021. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional descriptivo de corte trasversal analítico. Se calcularon frecuencias absolutas y porcentajes, medidas de tendencia central y dispersión y odds ratio como medida de asociación. Resultados: De los 2254 datos analizados, el 55,37% correspondieron al sexo masculino, el 88,08% pertenecía al régimen subsidiado, el 50,80% vivía en áreas rurales dispersos y el estrato socioeconómico 1 aportó el 51,33% de la información. Se identificaron como factores de riesgo de desnutrición aguda severa la lactancia materna menor a 6 meses (OR = 1,96; 1,61-2,39) y el inicio de la alimentación complementaria antes de los 6 meses (OR = 2,12; 1,72-2,59). Conclusión: Es importante fortalecer los programas y políticas en salud con el fin de velar por la atención integral y oportuna de los menores de cinco años.