La secuencia de etapas (proestro, estro, metaestro y diestro) que ocurren entre un periodo de celo a otro se conoce como ciclo estral o estro. En murciélagos, los estudios para determinar los ciclos reproductivos han estado basados principalmente en caracteres externos, por lo que la clasificación está sujeta a la experiencia del investigador. El análisis celular por citología vaginal es un método que permite identificar las etapas del ciclo estral con mayor confiabilidad. En esta investigación se empleó el método de citología vaginal para caracterizar el ciclo reproductivo de especies de murciélagos, muestreadas entre agosto de 2018 y febrero de 2020, en una zona perirubana del norte del cordillera Central. La condición reproductiva de las hembras capturadas fue determinada mediante caracteres externos y, para aquellas en condición no reproductiva, se realizó una citología vaginal en campo y el análisis posterior de placas mediante tinción de Wrigth. Se capturaron 73 individuos (38 hembras) de 13 especies de murciélagos. De 23 hembras analizadas, 56,5 % fueron encontrada en estro, 21,7 % en proestro, 17,3 % en diestro, y 4,3 % en metaestro. La citología vaginal es una metodología de bajo costo y riesgo para el seguimiento reproductivo de las poblaciones de murciélagos, que permite entender la relación entre reproducción y factores ambientales en ambientes antropizados. Este trabajo constituye el primer aporte sobre la biología reproductiva de murciélagos en un sistema urbano-rural en el departamento de Antioquia, y se configura en una primera referencia sobre los patrones estrales para las especies Sturnira ludovici y Carollia perspicillata.