Este trabajo considera el problema de la estructuración del espacio aéreo urbano para que la logística urbana basada en UAVs pueda realizarse de forma eficiente. Este problema es importante para garantizar la movilidad y accesibilidad de todos los operadores. En primer lugar, se propone un conjunto de hipótesis sobre la organización de las capas inferiores del espacio aéreo urbano, a continuación se formula un problema de asignación óptima de flujos, se desarrolla un enfoque heurístico de solución y, por último, se muestra su aplicación a un problema de tamaño medio.