Desafios institucionais podem ter um impacto direto na sustentabilidade hídrica das bacias hidrográficas. Este estudo investiga os principais desafios institucionais da Bacia do Rio Capibaribe, localizada em Pernambuco – Brasil. Para atingir esse objetivo, este trabalho buscou entender se tais desafios podem ser configurados como barreiras para a sustentabilidade hídrica. A Bacia do Rio Capibaribe é o objeto; portanto, dada a disponibilidade de colaboração com a pesquisa, foram escolhidas duas instituições: Agência Pernambucana de Águas e Clima (APAC) e o Comitê da Bacia do Rio Capibaribe (COHB-Capibaribe). A metodologia consistiu na triangulação de métodos: análise de campo, análise documental e análise de conteúdo. A triangulação foi usada para formular uma matriz SWOT interinstitucional Apac-COBH/Capibaribe. Como resultado, este trabalho identificou três grandes desafios institucionais nos ambientes internos e externos do gerenciamento da bacia considerando as instituições analisadas Apac-COBH/Capibaribe: I) Conhecimento e Participação; II) Engajamento Operacional e III) Informação e Comunicação. Uma vez que as instituições analisadas articulam os interesses de diferentes setores para múltiplos usos da água, o estudo demonstrou que os desafios identificados podem se configurar como barreiras à sustentabilidade hídrica, gerando reflexos diretos na manutenção do equilíbrio dinâmico entre oferta e demanda hídrica na bacia.