Se describe una propuesta metodológica para el control de calidad de datos de Temperatura Superficial del Mar (TSM), compuesta por tres etapas conducentes a la asignación de banderas de calidad recomendadas por el programa para el Intercambio Internacional de Datos e Información Oceanográfica (IODE); en estas etapas se adoptaron buenas prácticas de referentes nacionales e internacionales, así como criterios estadísticos, oceanográficos y climatológicos. Durante la aplicación de la metodología en datos de TSM recopilados porla Dirección General Marítima en cruceros oceanográficos del Pacífico colombiano en el marco del programa del Estudio Regional del Fenómeno El Niño (ERFEN), se evaluó la coherencia temporal y espacial de los datos y se identificaron comportamientos atípicos teniendoen cuenta la influencia de El Niño/La Niña sobre los rangos de variabilidad de la TSM, obteniendo como resultado que bajo este esquema 74,09 % de los datos se le asignó la bandera de calidad clasificada como “buena”.