Objetivo: Dilucidar el papel de la coevolución del genoma humano y de Helicobacter pylori en la patogenesis gástrica en población de Nariño-Colombia. Materiales y Métodos: Se aisló Helicobacter pylori de biopsias gástricas obtenidas de 292 pacientes con enfermedad gástrica de Nariño. El diagnóstico histológico se realizó por la clasificación de Sydney. Se incluyeron 252 cepas de H. pylori para el análisis MLST, que las asignó a poblaciones ancestrales (hpAfrica1, hpAfrica2, hpEurope, hpEAsia). Para los análisis evolutivos humanos se utilizó Immunochip y el software ESTRUCTURE para determinar proporciones de ascendencia por comparación con 712 secuencias globales de base MLST de H. pylori (http://pubmlst.org/helicobacter). Resultados: Las cepas de H. pylori en Nariño se derivan de cuatro poblaciones ancestrales: Africa (AA1), Europea (AE1 y AE2) y Asia Oriental (AEA). Los aislamientos contenían fracciones sustanciales de ancestría africana AA1 en la costa, y europea, AE2 en la región montañosa. Debido a que la población de montaña tenía un mínimo de ancestría africana del huésped, nos preguntamos si AA1 aumentaba la gravedad de las lesiones gástricas en los sujetos con baja ancestría africana. Tal escenario podría significar una coadaptación interrumpida: disrupción de la coevolución humano-H. pylori. Cuando consideramos a las 56 personas con menos del 17,6% de ancestria africana, encontramos que todas las personas que portaban H. pylori con >19,8% de ancestría africana AA1, n = 20 tenían lesiones severas. Conclusión: Las relaciones coevolutivas humano-H. pylori son biomarcadores importantes de enfermedad gástrica, y la interrupción de estas relaciones desenlazan lesiones gástricas mas avanzadas en Nariño.