Introducción: Los defectos congénitos son un problema de salud pública, anualmente se registran en Colombia alrededor de 3000 casos. Se estima que un 94% de los casos se presentan en países de bajos-medianos ingresos, como Colombia. Tienen una gran carga de morbimortalidad perinatal, causan 1 de cada 5 muertes en recién nacidos. El embarazo múltiple también tiene un impacto negativo en la salud de la gestante y el recién nacido, incrementando el riesgo de aborto, óbito fetal, parto prematuro, trastornos hipertensivos asociados al embarazo y muerte perinatal. La presencia de defectos congénitos en el embarazo múltiple puede aumentar la morbimortalidad materna y perinatal. Metodología: Estudio tipo casos-controles basado en datos secundarios anonimizados de registros de la ficha de notificación para defectos congénitos del Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica (SIVIGILA) en el periodo 2016-2021. Los casos fueron todos los recién nacidos elegibles con diagnóstico de anomalía congénita utilizando la Clasificación Internacional de Enfermedades 10ª edición CIE- 10; los controles fueron los recién nacidos vivos registrados en el Departamento Nacional de Estadística (DANE), nacidos en el mismo año y municipio del caso, escogidos aleatoriamente en relación 1:1. Inicialmente fue realizado un análisis descriptivo. Se estimó la prevalencia para el periodo a nivel nacional y por departamentos de todas las anomalías congénitas y para los siguientes grupos: cardiovascular, neurológica, genitales, labio leporino y paladar hendido. El denominador para el cálculo corresponde a la totalidad de nacidos vivos, registrados en el DANE, a nivel nacional y por departamentos. Se graficaron en un mapa geográfico mediante el uso de GeoDa®. Posteriormente se realizó una descripción de los casos y controles en función de la multiplicidad del embarazo y grupo etario materno. Los casos fueron caracterizados de acuerdo al número de anomalías registradas y el grupo CIE-10 al cual pertenecen. Se construyó un modelo de regresión logística condicionada por municipio de residencia y año de registro, estimando el OR con un IC95% de la asociación entre el embarazo múltiple y las anomalías congénitas, estimando el efecto confusor de la edad materna, tratada como variable discreta. El análisis fue realizado en el programa estadístico R. Resultados: Para el periodo de estudio hubo un total de 3,213,606 nacidos vivos reportados ante el DANE y 34,108 casos de anomalías congénitas tipo malformación reportados en el SIVIGILA, con una prevalencia general de 106.1 (IC95%: 105-107.3) casos por cada 10,000 nacidos vivos (nv). Las anomalías cardiovasculares, del sistema urinario, neurológicas y el labio-paladar hendido tienen una mayor prevalencia en la región andina y el centro del país; los departamentos de Santander, Antioquia y Boyacá concentran la mayor prevalencia de este grupo de anomalías. Se parearon un 95.8% de los casos. La prevalencia de embarazo múltiple fue de 2.8%, siendo más frecuente en los recién nacidos con anomalía congénita (4.2%) que en los controles (1.4%) siendo esta una diferencia estadísticamente significativa (p<0.05). El resultado del modelo de regresión logística condicional estima una mayor probabilidad de cualquier anomalía congénita en el embarazo múltiple con respecto al embarazo único (OR=3.16, IC95%: 2.8-3.5), relación que se mantiene luego de incorporar el grupo etario materno en el modelo (OR=3.09, IC95%: 2.8-3.4), siendo la de mayor magnitud la observada para el grupo de anomalías no clasificadas (OR=10.9, IC95%: 4.9-24.3), sistema respiratorio (OR=3.88, IC95%: 1.8-8.6), cardiovascular (OR=3.69, IC95%: 2.9-4.6) y las anomalías genitales (OR=3.32, IC95%: 1.9-5.8). Conclusiones: El embarazo múltiple se asocia a una mayor probabilidad de anomalías congénitas en el recién nacido, independiente del grupo de anomalía y la edad materna. La probabilidad de anomalía congénita en embarazo múltiple aumenta proporcional a la edad materna. Los resultados son concordantes con estudios en población asiática y americana. La distribución de las anomalías congénitas en Colombia es heterogénea con una mayor tasa en la región Andina y centro para cardiopatías, anomalías del sistema nervioso, urinario, neurológico y labio-paladar hendido.