Introducción: Los quironómidos forman parte de los macroinvertebrados esenciales en la tipificación de hábitats acuáticos, ya que albergan especies sensibles a la contaminación, mientras que otras son indicadoras de ambientes bien conservados. Son organismos claves por su abundancia, diversidad, y capacidad de respuesta a diversas presiones naturales y antropogénicas. Objetivo: Determinar las relaciones entre los géneros de la familia Chironomidae y la calidad fisicoquímica del agua. Materiales y métodos: Se realizaron seis muestreos en tres quebradas del río Combeima (Las Perlas, La Plata y Cay; Tolima, Colombia). Resultados: Se registraron 15594 larvas distribuidas en tres subfamilias y 20 géneros. El análisis de correspondencia canónica (ACC) mostró que Cardiocladius, Polypedilum, Thienemannimyia, Cricotopus y Alotanypus se relacionaron con procesos de oxidoreducción, mientras que Chironomus, Larsia, Cladotanytarsus, Onconeura, Riethia, Paratanytarsus y Endotribelos se asociaron con procesos de mineralización. Adicionalmente, se evaluó la relación de los índices de calidad del agua (ICA, ICOMO, ICOSUS e ICOTRO) con los géneros de Chironomidae. Alotanypus y Cricotopus, presentaron asociación con los índices ICOSUS e ICOTRO, mientras que Cardiocladius, Thienemannimyia y Polypedilum, se asociaron con ICOMO; Saetheria, Riethia, Larsia, Endotribelos, Cladotanytarsus, Paratanytarsus, Onconeura y Dicrotendipes se asociaron con ICOMI. Respecto al ICA, los géneros que se asociaron fueron Chironomus, Rheocricotopus, Parametriocnemus, Pentaneura y Corynoneura; contrario a Cryptochironomus que se separa de cualquier asociación. Conclusión: Los resultados revelan que no solo la presencia de materia orgánica facilita el establecimiento de la familia Chironomidae en los cuerpos de agua, sino también las características geomorfológicas propias de las quebradas analizadas.