La laguna San Rafael, ubicada en el Parque Nacional Natural Puracé, es un sitio sagrado y de valor de conservación para las comunidades indígenas que habitan este territorio. Con el objetivo de evaluar su estado de conservación, se realizó un estudio basado en la diversidad de fitoplancton presente en sus aguas. Se llevaron a cabo cuatro muestreos entre junio y octubre de 2022, filtrando 50 L de agua a través de una red de plancton de 20 µm. Se determinó el número de especies utilizando una curva de acumulación y se recopilaron datos fisicoquímicos in situ con una sonda digital. Se encontró un total de 90 taxa de fitoplancton, agrupados en Bacillarophytas, Charophyta, Chlorophyta, Xanthophyta y Cyanobacteria. La especie más abundante fue Melosira sp. (Bacillariophyta). El ecosistema de la laguna se caracteriza como oligotrófico, con un pH promedio de 6,7, una concentración de oxígeno disuelto de 8,0 mg/L y una temperatura promedio de 13,8°C. Se observa una relación entre la altitud y el número de especies, el cual se ha incrementado considerablemente en las últimas dos décadas, así como la temperatura del agua. Se sugiere que la alta diversidad de microalgas en la laguna San Rafael se debe a la intensa luminosidad en las montañas de la región tropical.