En la Hacienda Majavita se encuentran las coberturas de bosque (conformado por vegetación secundaria baja según CORINE Land Cover (IDEAM, 2010) y sistema agroforestal (árboles con café), en las cuales se desconoce el estado de la diversidad florı́stica, conductancia estomática y mesofauna edáfica en época de lluvia. Para esta investigación, se implementó un diseño experimental de dos factores para cada una de las variables estudiadas. El análisis ANOVA, reveló con un 99% de confianza diferencias significativas entre la 2 conductancia estomática del bosque (192,6 mmol/m s) 2 y sistema agroforestal (299,0 mmol/m s), siendo ésta última la mayor. La conductancia estomática de las especies en orden descendente fue, Cedrela odorata L., Inga edulis Mart, Coffea arabica, Inga vera subsp. spuria (Willd)J. Leon, Zanthoxylum rhoifolium Lam, Nectandra turbacensis (Kunth) Nees (sistema agroforestal), Nectandra turbacensis (Kunth) Nees (del Bosque) y Anacardium excelsum (Bertero ex Kunth) Skeels. Los ı́ndices de diversidad Shannon-Weaver, Simpson, McIntosh, Bulla y Kempton, indicaron mayor diversidad, distribución y menor dominancia florıś tica en el sistema agroforestal; en esta cobertura se evidenció más variedad de organismos edáficos, los cuales conforman los grupos; quilópodos, oligoquetas, isópteras y coleóptera; a diferencia del bosque donde sólo se encontróel grupo quilópodo.