Los atolones y complejos arrecifales oceánicos del Archipiélago de San Andrés y Providencia, en el Caribe sudoccidental, poseen cuencas lagunares semi-cerradas a semi-abiertas en las que se desarrollan diferentes hábitats bentónicos característicos. Ciertas zonas del fondo lagunar están cubiertas por sedimentos, a veces vegetados por algas y pastos marinos, y en otras por estructuras coralinas de varios tipos según la composición y dominancia de distintas especies de corales y la morfología y grado de desarrollo del andamiaje arrecifal. Este trabajo pretende determinar los esquemas de distribución espacial de los hábitats bentónicos de las lagunas a partir del análisis de los gradientes de los factores físicos más relevantes. Se establecieron tendencias en la presencia y abundancia de la mayoría de los hábitats en relación con el nivel de energía del oleaje, la profundidad y la presencia de islas. Ciertos tipos morfológicos de arrecifes están orientados en dirección preferencial y presentan un esquema de desarrollo espacial aparentemente en respuesta a la intensidad y dirección predominante de las corrientes y del oleaje.