La desnutrición como enfermedad de origen social es la expresión última de la situación de inseguridad alimentaria y nutricional de una población, al afectar principalmente a los niños. El objetivo fue analizar la prevalencia y factores relacionados con la desnutrición en la primera infancia en Colombia durante los años 2018 a 2020, mediante un estudio cuantitativo descriptivo de tipo ecológico – exploratorio, con recolección de datos retrospectivos a partir de reportes obtenidos del Sistema Integrado de Información de la Protección Social. El total de casos corresponde a 43.823 reportes, la prevalencia para los tres años fue de 1,13% principalmente en los departamentos de Guajira (n: 3.488; 3,17%) y Boyacá (n: 1.277; 1,39%), mayor número de casos presentados en el sexo masculino (n: 23.804; 54,3%), en edad entre 0 y 1 año (n: 17.099; 39,0%), pertenecientes al régimen subsidiado (n: 28.814; 65,75%) y ubicados en la cabecera municipal (n: 28.114; 64,15%). Con relación a la pertenencia étnica la mayor frecuencia se evidencia en “otras etnias” (n: 33.050; 75,42%), seguido de la etnia indígena (n: 8.348; 19,05%) y el estrato socioeconómico más representativo es el “bajo-bajo” (n: 17.620; 40,21%). Además, existe relación entre el sexo masculino y la desnutrición, comportándose como un factor de riesgo, y el vivir en centro poblado disminuye la probabilidad de presentar desnutrición. Se evidenció una frecuencia significativa de características asociadas a los determinantes sociales en salud y variables específicas relacionadas con la desnutrición.