La mayor crisis que tuvo España en el Siglo XVII fue la llamada Guerra de Cataluña, que se produjo desde 1640 a 1652. Los religiosos que vivían en el territorio catalán quedaron separados del resto de su Provincia religiosa, que era la Provincia de la Corona de Aragón. Los agustinos, como otras Órdenes, pidieron al prior general la creación de una Provincia independiente, siguiendo el ejemplo de la separación de Cataluña del resto de España. En varios capítulos provinciales privados defendieron esa independencia y entre los agustinos catalanes hubo algunos que escribieron textos importantes a favor de ella, como fue el caso de fr. Gaspar Sala y alguno más. También hubo otros agustinos que estuvieron a favor de la unión con España e incluso huyeron a otros lugares durante la guerra. Destacan entre ellos fr. Andrés Júdice y fr. Gabriel Rius, que escribió a favor de la unión. Terminado el conflicto, los agustinos catalanes se reintegraron en la Provincia aragonesa con normalidad y olvidaron los hechos ocurridos.