Helicobacter pylori (H. pylori) es un microorganismo que afecta al 60% de la población mundial y por lo menos al 80% de la población colombiana. Es el principal agente etiológico de gastritis crónica, úlceras pépticas y cáncer gástrico; en Colombia, este cáncer representa la primera causa de muerte por cáncer en hombres y la tercera en mujeres. Tres rutas de transmisión han sido planteadas: oral-oral, gastro-oral y fecal-oral; en esta última, el agua es considerada como un vehículo intermediario actuando como reservorio ambiental. Se ha establecido relación entre la presencia de H. pylori y el consumo de agua sin tratamiento o parcialmente tratada, siendo los sistemas de abasto de agua rurales donde acentúa este fenómeno por las limitaciones de funcionamiento que ellos presentan. Según el SIASAR el 55% de los sistemas instalados no funcionan y de ellos, el 25% requiere su reconstrucción total. Estas limitaciones están asociadas la construcción de infraestructura robusta y sistemas complejos en zonas apartadas se generan altos costos de operación, que rebasan la capacidad de pago de los usuarios y la capacidad técnicas de la organización comunitaria para hacer mantenimiento de la infraestructura y los equipos. La Filtración en múltiples etapas (FiME) es considerada como una alternativa fácil de operar y mantener localmente, muy efectiva en la remoción de la contaminación microbiológica, que facilita la sostenibilidad por parte de las comunidades. Con el fin de verificar si FiME es eficaz en el control de H. pylori en agua, se evaluó un sistema de tratamiento rural compuesto por un filtro dinámico y un filtro en gravas y además se validó, a nivel de planta piloto, la remoción del patógeno en filtros lentos en arena. Los resultados mostraron que una inadecuada operación y mantenimiento de los filtros en gravas limita la remoción de H. pylori y potencializa su presencia en el agua tratada, mientras que los resultados del estudio piloto con filtros lentos mostraron que esta tecnología es capaz de remover hasta 3 unidades logarítmicas (99.9%), garantizando una calidad de agua con una baja o nula concentración del patógeno. Considerando que un plan de monitoreo de H. pylori resulta costoso para los acueductos rurales, la aplicación de la tecnología FiME permite satisfacer las necesidades de la calidad microbiológica en zona rural.