La acuicultura abastece la producción de proteína animal de forma rentable y sostenible, sin embargo, sus producciones generan cambios a nivel ecológico y ambiental. Para este estudio, se determinaron cambios en la calidad del agua y en los sedimentos relacionados al cultivo de trucha arcoíris (Onchorhynchus mykiss) en el humedal RAMSAR - Lago Guamuez, en pluviosidad alta y baja, y se compararon seis zonas con tres réplicas y tres profundidades. Se midieron parámetros fisicoquímicos y nutrientes en agua y sedimentos, realizando análisis de varianzas y determinando diferencias significativas. Los parámetros fisicoquímicos del agua presentaron valores menos favorables en las empresas de cultivo a diferencia de los diferentes puntos control, principalmente en la parte alta del lago donde existe mayor influencia de actividades antrópicas, lo que demostró que no solo los procesos acuícolas alteran la calidad del agua, sino también otras actividades antrópicas; no obstante, los valores se encuentran en rangos aceptables para la acuicultura y para la ecología del lago. Los sedimentos actúan como depósito de residuos acuícolas, y presentan alteración en los parámetros fisicoquímicos y nutrientes medidos en las empresas de cultivo, principalmente el fósforo total y el nitrógeno total, los cuales presentan rangos aceptables, sin embargo, su incremento podría causar problemas de eutrofización en el lago. El incremento de la pluviosidad contribuye al aporte de contaminación mediante afluentes y escorrentía que finalmente depositan contaminantes en el lago, por lo cual, la acuicultura solo es uno más de los factores que pueden afectar negativamente un sistema acuático léntico.