Este estudio propone un análisis multicriterio para priorizar las alternativas de equipos utilizados en el procesamiento de pruebas de RT-PCR para la detección del virus SARS-CoV-2 a través del hisopado nasofaríngeo. Se empleó el Proceso de Análisis Jerárquico (AHP) basado en la Evaluación de Tecnologías en Salud (ETES) para llevar a cabo este análisis. Para su desarrollo, primero se realizó una revisión bibliográfica para identificar los cinco criterios y doce subcriterios incluidos que facilitan la toma de decisiones en la compra de equipos para el procesamiento de pruebas RT-PCR; posteriormente se caracterizó el proceso de uso de la tecnología en una institución prestadora de salud. Los resultados obtenidos revelaron que la efectividad clínica y la seguridad fueron los criterios más relevantes en la selección de la tecnología propuesta. Para comprobar la utilidad de la herramienta multicriterio, se evaluaron dos equipos específicos.