La ciudad de Flandes cuenta con un rico recurso hídrico, el río Magdalena. Este gran río Colombia nace en la provincia del Huila, desemboca en el Mar Caribe y es navegable desde Honda hasta su desembocadura. Su principal afluente es el río Cauca. Su cuenca ocupa el 24% del territorio continental del país, y el río Magdalena atraviesa 20 de las 32 provincias de Colombia, entre ellas el Valle del Cauca, Quindío, Risaralda, Caldas y Cundinamarca, Tolima, Antioquia, Córdoba, Sucre, Bolívar. Flandes se abastece del Magdalena en una captación de agua cruda. Cuenta con dos estaciones de bombeo, cada una de ellas dotada de dos motobombas y con un caudal afluente de 122.63 litros por segundo. La planta de Tratamiento de Agua Potable es una planta convencional y está ubicada a un kilómetro y medio del parque Santander en el municipio de Flandes y cuenta con una capacidad de diseño de 145 litros por segundos. El agua es tratada por medio de procesos de coagulación, floculación y sedimentación en dos trenes de tratamiento compuestos por dos tanques floculadores-sedimentadores tipo manto de lodos, de flujo vertical por pulsos, en un proceso completamente automático y eficiente que no requiere sistemas de bombeo. Se transporta el agua mediante bombeo y las estructuras de las redes son en PVC. La red de aducción es en hierro dúctil.